中共十一届三中全会以后，县市政协组织相继恢复和建立。为加强对县市政协工作的联系和指导，1984年7月，中共孝感地委依照省委办公厅下发的《关于地区设立省政协联络处的通知》精神，设立孝感市（县级）政协。孝感市（县级）政协共历时三届，分别为1984年7月至1988年1月的孝感市（县级）政协第一届委员会、1988年1月至1991年1月的孝感市（县级）政协第二届委员会、1991年1月至1993年6月的孝感市（县级）政协第三届委员会。1993年5月孝感撤市建区，6月成立孝南区政协筹备组，11月召开政协孝感市孝南区第一届委员会第一次会议。到目前为止，孝南区政协共历时六届，分别为1993年9月至1999年1月的孝南区政协第一届委员会、1999年1月至2004年1月的孝南区政协第二届委员会、2004年1月至2006年12月的孝南区政协第三届委员会、2006年12月至2011年11月的孝南区政协第四届委员会、2011年11月至2016年12月的孝南区政协第五届委员会、2016年12月到现在的孝南区政协第六届委员会。

中国人民政治协商会议孝感市孝南区委员会为正县级单位，主席、副主席、秘书长、常委由区政协委员会全体大会选举产生。孝南区政协组织形式为全体委员会、常务委员会、主席会议，工作机构有政协办公室（下设人秘科、调研信息科）、专委会。区政协党组织有区政协党总支、机关党支部、专委会党支部、老干部党支部。按照政协有关章程，区政协设立了若干专门委员会，为政协组织的内设机构。1993年9月，政协孝感市孝南区第一届委员会设立5个专门委员会：经济委员会、教科文卫体委员会、学习文史委员会、三胞联谊和民族宗教委员会、提案法制委员会。2011年6月，新增设委员工作委员会。2019年7月，根据《中共孝感市委、孝感市人民政府关于印发〈孝南区机构改革方案〉的通知》，决定：政协孝感市孝南区第六届委员会组建农业和农村委员会；将区政协教科文卫体委员会的联系文化艺术界等职责划入区政协学习文史委员会，区政协教科文卫体委员会更名为区政协教科卫体委员会，区政协学习文史委员会更名为区政协文化文史和学习委员会。截至目前，共有7个专门委员会。